تعمل الأكاديمية السُلطانية للإدارة من خلال 3 مراكز متخصصة غير هيكلية، قائمة بذاتها، لضمان سرعة الاستجابة مع المتغيرات في مجالات عملها، وهي مركز تطوير القيادات، ومركز تطوير الإدارة المحلية، ومركز الجاهزية للمستقبل. تسترشد هذه المراكز في اختصاصاتها بالتوجيهات السامية حول تعزيز كفاءة الجهاز الإداري للدولة وأهمية القطاع الخاص وتوجيه التنمية إلى المحافظات بالإضافة الى أولويات القيادة والإدارة في رؤية عمان المستقبلية.